Mungkin dengan potensi yang ada pihak berkaitan boleh melihat Sungai Rembau sebagai aset penting bagi Negeri Sembilan dan Melaka untuk ekopelancongan. Persekitaran sungai mesti dijaga bagi memastikan sistem ekologi Sungai Rembau optimum dan diuruskan dengan baik.

Masyarakat tempatan perlu diberi pendidikan dan kesedaran serta pegawai kerajaan jabatan terlibat mempunyai pengetahuan asas tentang ekologi dan kepelbagaian biologi sungai.

Aktiviti pelebaran sungai bagi mengurangkan kejadian banjir kilat, melombong pasir, pemburuan haram dan pencemaran bahan kimia boleh mengancam populasi buaya di sungai-sungai di negara ini. Penyelenggaraan Sungai Rembau misalnya bagi mengelakkan kejadian banjir di kawasan perumahan bakal menganggu habitat buaya seperti yang telah berlaku di Sungai Linggi. Ancaman besar bagi buaya adalah gangguan habitat apabila ada projek pembangunan atau naik taraf sungai bagi tujuan kawalan banjir.

Antara sebab banjir berlaku adalah disebabkan sungai cepat menjadi cetek dan semak samun di tebing sungai.

Larian air permukaan mungkin membawa tanah permukaan ke sungai.

Pencemaran nutrien mungkin juga menggalakkan tumbuh-tumbuhan hidup dengan cepat. Apabila sungai cetek dan semak, maka ia tidak dapat menampung larian air permukaan ketika hujan lebat lalu menyebabkan banjir.

Selain itu, sungai juga menerima bahan kimia yang boleh mencemar air.

Langkah kawalan pencemaran adalah menerusi pendidikan dan kesedaran untuk memulihara sungai kepada penduduk tempatan, pemaju, pengilang dan petani di samping penguatkuasaan undang-undang.

Pihak berkuasa tempatan (PBT) di Melaka dan Negeri Sembilan perlu mengambil tindakan bagi menjaga kualiti air sungai bersama jabatan lain seperti Jabatan Alam Sekitar, Jabatan Perhutanan Semenanjung Malaysia (JPSM), Jabatan Perlindungan Hidupan Liar dan Taman Negara (Perhilitan), Jabatan Pengairan dan Saliran (JPS), Jabatan Perikanan dan Jabatan Pertanian. Kualiti air sungai Kelas IIB dan III mesti ditambah baik dengan menguruskan input ke sungai.

Kawalan terhadap buangan dari aktiviti kilang, pertanian, perumahan, sampah sarap termasuk plastik dan kelodak mesti dipantau.

Kira-kira 60 peratus kawasan lembangan Sungai Rembau adalah kawasan pertanian, perumahan (30 peratus) dan industri (10 peratus).

Pengurusan sungai tidak lagi seperti yang selalu diamalkan tetapi mestilah berdasarkan fungsi sungai untuk kepentingan masyarakat.

Budaya menjadikan sungai untuk mengalirkan air lebihan semasa banjir, tempat membuang sampah dan kotoran sudah berlalu. Sungai Rembau yang sangat berpotensi sebagai sumber perikanan dan pelancongan perlu diberikan perhatian.

Pencemaran plastik juga boleh membunuh buaya. Di Australia, buaya ditemukan mati kerana memakan banyak beg plastik di kawasan berdekatan Great Barrier Reef pada 2008.

Plastik menjadi padat dalam perutnya dan tidak boleh mencerna makanan yang dimakan. Haiwan mana pun tidak boleh hidup jika terdapat 25 beg plastik yang padat di dalam perutnya. Kes seperti ini mungkin boleh berlaku di Sungai Rembau sekiranya tidak dijaga.

Lebih banyak kajian tentang buaya di Borneo berbanding di Semenanjung. Hasil kajian dari Jun 1987 hingga Julai 1988 di sepanjang 37 kilometer Sungai Klias, Sabah yang diterbitkan dalam jurnal Biological Conservation 1994 melaporkan 182 buaya dilihat dengan kepadatan antara 1.1 hingga 3.6 ekor setiap kilometer. Sebanyak 63.3 peratus juvenil, 12.6 peratus subadult dan 24.2 peratus dewasa direkodkan.

Buaya banyak di kawasan hutan bakau dan taburan mereka tiada kesan kepada saliniti (kemasinan) dan suhu.

Buaya memainkan peranan bagi memastikan ekosistem itu sihat dan kehidupam di ekosistem berkenaan stabil dari segi ekologinya.

Terdapat satu kajian tentang buaya di Sungai Rembau yang diterbitkan dalam Proceedings Postgraduate Colloquium 2009/2010. Pada 2010 dilaporkan 60 ekor di Sungai Rembau dan Sungai Linggi.

Secara amnya tidak banyak kajian tentang buaya di negara ini. Kajian yang ada hanya terhad kepada perkara asas taksonomi dan ekologi seperti yang dilaporkan dalam Trends in Undergraduate Research 2018 dan Biological Conservation 1994.

Selain buaya, terdapat aktiviti rekreasi penting iaitu memancing udang galah.

Sejarah menunjukkan udang galah banyak di Sungai Rembau.

Bagi memastikan populasi udang galah stabil, sebanyak satu juta benih udang bernilai RM120,000 dilepaskan oleh Jabatan Perikanan ke dalam Sungai Rembau pada 2017.

Jumlah benih udang galah yang banyak itu bertujuan pemuliharaan sumber perikanan negara.

Langkah ini berikutan pendaratan udang galah semakin berkurangan sejak 2011 sebanyak 3.52 tan metrik kepada 0.61 tan metrik pada 2015.

Di samping menjamin kelestarian populasi udang galah, pelepasan tersebut diharapkan dapat meningkatkan sosioekonomi nelayan dan penduduk setempat.

Kelip-kelip juga penting dalam ekosistem sungai bukan sahaja untuk kepentingan pelancongan tetapi banyak perkara lagi dari segi biologi dan ekologinya yang belum diketahui.

Di Sungai Rembau kelip-kelip dari genus Pteroptyx merupakan spesies yang dominan. Spesies tersebut suka habitat sungai yang ditumbuhi pokok nipah (Nypa fruticans) dan berembang (Sonneratia caseolaris).

Hubung kait pokok nipah dan pokok berembang dengan tebing sungai serta air pasang surut dan siput-siput sangat penting difahami bagi menjamin kelestarian populasi kelip-kelip.

Hasrat kerajaan dalam pemuliharaan buaya, kelip-kelip dan udang galah di Sungai Rembau sangat baik untuk kepentingan sosioekonomi penduduk setempat dan negara.

Malangnya sejauh mana perkara asas iaitu pemantauan kualiti habitat haiwan berkenaan, pertambahan populasi, keupayaan sungai menampung pemancing, tangkapan melebihi had dan penyelenggaraan kelestarian sungai diberi perhatian oleh penduduk tempatan dan pihak bertanggungjawab perlu diberikan penilaian sewajarnya.