Misalnya, pada tahun 1999 Perdana Menteri ketika itu, Tun Dr. Mahathir Mohamad membuat teguran tentang sungai hitam yang boleh nampak dari kapal terbang semasa mendarat di Lapangan Terbang Antarabangsa Kuala Lumpur (KLIA).

Teguran tersebut menarik minat ramai tentang kisah pencemaran Sungai Sepang. Air sungai yang hitam telah dikaitkan dengan hutan paya gambut.

Air paya gambut memang nampak hitam tetapi paya gambut sebenarnya menghasilkan air berwarna keperangan yang tidak dikatakan tercemar dan sangat sihat kerana menambah baik kualiti air sungai dan berfaedah kepada kehidupan air seperti ikan. Punca Sungai Sepang berwarna hitam sebenarnya berpunca daripada aktiviti penternakan babi di kawasan berdekatan. Bahan buangan kandang babi dibuang terus ke sungai-sungai kecil yang akhirnya mengalir ke Sungai Sepang Besar.

Kajian yang dilaporkan dalam Jurnal Sains Malaysiana 2008 menunjukkan Sungai Sepang dilaporkan secara amnya tercemar dengan sebatian sterol iaitu bahan kimia berasaskan kumbahan.

Hasil kajian itu menunjukkan kawasan Sungai Sepang Besar didominasi oleh kolestrol - sitosterol dan stigmasterol, manakala kawasan laut didominasi oleh ergosterol.

Kajian yang diterbitkan dalam Jurnal Environmental Technology 1997, melaporkan antara 60 peratus hingga 70 peratus logam berat kuprum (Cu) dan zink (Zn) adalah sumbangan daripada aktiviti manusia. Aktiviti penternakan babi merupakan sumbangan signifikan pencemaran logam berat dan bahan organik ke dalam Sungai Sepang. Kandungan logam berat dalam sedimen anak sungai yang berdekatan kandang babi menunjukkan 100 kali lebih tinggi berbanding dengan kawasan muara sungai. Selepas 10 tahun didapati kandungan logam berat yang dikaji menurun secara mendadak.

Ini menunjukkan berlaku pembersihan secara semula jadi ke atas Sungai Sepang. Kualiti air Sungai Sepang perlu dipantau secara berterusan mengikut kriteria yang sedia ada.

Maklumat kajian yang dinyatakan di atas mungkin boleh menunjukkan Sungai Sepang Besar tercemar oleh aktiviti manusia sama ada daripada aktiviti industri atau penternakan. Aktiviti penternakan babi sekitar Sungai Sepang boleh dikatakan sebagai penyumbang terbesar kepada pencemaran sungai berkenaan.

Lebih 20 tahun dahulu Sungai Sepang menerima efluen daripada lebih sejuta ekor babi yang diternak sekitar Sungai Sepang. Selepas kejadian wabak yang disebabkan virus nipah yang boleh menjangkiti manusia dan haiwan, lebih sejuta babi dimusnahkan.

Babi merupakan perumah perantara virus nipah yang dibawa oleh perumah semula jadi keluang (Pteropus vampyrus) dari keluarga Pteropodidae.

Keadaan pasang surut dan kurang kumbahan daripada penternakan babi air Sungai Sepang bertambah baik secara semula jadi. Kaedah mudah mengurangkan pencemaran air sungai secara amnya ialah mengurangkan kemasukan bahan kumbahan daripada industri, kawasan bandar, kawasan pertanian, penternakan, akuakultur, mengadakan rawatan air kumbahan, mengurangkan kelodak hasil hakisan permukaan tanah dan mengurangkan pencemaran daripada tapak pelupusan sampah. Dengan mengurangkan kemasukan bahan cemar tersebut akan meningkatkan kualiti air sungai.

Pengurangan aktiviti penternakan babi jelas menunjukkan kualiti air Sungai Sepang telah bertambah baik.

Pokok bakau merupakan penampan yang terbaik melindungi tebing sungai daripada terhakis atau runtuh dan menapis pencemaran daripada daratan. Di samping itu, pokok bakau menjadi tempat pembiakan ikan dan tempat asuhan bagi haiwan marin. Hutan bakau juga boleh menjadi tempat bertenggek atau bersarang bagi burung. Justeru, di kedua-dua belah tebing Sungai Sepang mestilah mempunyai zon penampan yang ditumbuhi pokok bakau yang sihat.

International Journal of Advances in Agricultural & Environmental Engg 2014 melaporkan 29 spesies daripada tujuh order dan 24 keluarga ikan boleh dijumpai di Sungai Sepang Besar. Tujuh order itu ialah Perciformes, Clupeiformes, Siluriformes, Tetraodontiformes, Acanthuridae, Elopiformes, and Mugiliformes. Antara ikan yang popular ialah ikan Arius sagor, Toxotes chatareus and Thryssa dussumieri. Ikan-ikan ini menarik minat pemancing kepada Sungai Sepang.

Kewujudan hutan bakau menyediakan habitat yang baik bagi ikan.

Sungai Sepang juga menarik minat beberapa pertubuhan bukan kerajaan (NGO) untuk menjalankan aktiviti dan mempopularkan Sungai Sepang agar dilindungi dan dipulihara.

Penilaian nilai ekonomi Sungai Sepang perlu dilakukan agar masyarakat umum faham nilai dan faedah sesebuah sungai. Dengan adanya penilaian ini, maka mudah untuk pihak bertanggungjawab untuk bertindak bagi menjamin kelestarian pengurusan Sungai Sepang Besar.

Satu ketika dahulu Sungai Sepang merupakan sebuah sungai yang hampir mati kerana pencemaran akibat daripada aktiviti manusia. Setelah lebih 10 tahun air Sungai Sepang sekarang nampak lebih bersih dan ada ikan-ikan dapat hidup di dalamnya. Persatuan Pecinta Alam Malaysia (MNS) sangat prihatin dengan perubahan yang berlaku ke atas Sungai Sepang dan memantau keadaan Sungai Sepang.

Berdasarkan MNS, petunjuk penting bagi kesihatan Sungai Sepang selain daripada parameter biasa kualiti air, kesuburan pokok bakau dan kehadiran burung-burung juga adalah petunjuk penting.

Semua pokok bakau ini mempunyai fungsi masing-masing mengikut struktur dan lokasi mereka yang menjadikan ekosistem bakau lebih kompleks dan memberikan perkhidmatan kepada sistem ekologi dan fauna. Rhizopohora stylosa adalah bakau yang jarang sekali di lihat di Semenanjung Tanah Melayu dan tidak tersebar dengan luas berbanding dengan bakau minyak dan bakau kurap. Spesies tersebut terdapat di muara Sungai Sepang. Namun dengan keadaan arus pantai yang berubah telah mengganggu habitat Bakau Pasir berkenaan. Bakau Pasir memerlukan perhatian pihak pengurusan Sungai Sepang agar spesies ini tidak mengalami kepupusan.