Menyingkap latar belakangnya dengan lebih lanjut, Syeikh Ahmad al-Fathani dilahirkan pada 10 April 1856 di Jambu, Jerim, Pattani, Selatan Thailand.

Ayah dan ibunya merupakan keturunan pembesar Daulah Fathani Darussalam, manakala abangnya, Syeikh Mustafa al-Fathani bergelar Datuk Panglima Kaya Fathani adalah seorang hakim yang bertugas menentukan sah dan tidaknya pelantikan seorang raja dan pembesar kerajaan di Daulah Fathani Darussalam, Selatan Thailand.

Oleh kerana dilahirkan dalam era penjajahan dan penindasan, Syeikh Ahmad al-Fathani bersama ibu bapanya berpindah ke Mekah pada tahun 1860. Sebelum berhijrah ke Mekah, beliau pernah belajar ilmu agama daripada ayahnya selain ulama Daulah Fathani Darussalam, Syeikh Abdul Kadir Mustafa.

Ketika berada Mekah, beliau sempat belajar agama daripada beberapa ulama termasuk ulama Melayu mahupun Arab yang bermukim di kota suci tersebut.

Justeru, sejak kecil lagi beliau membesar dalam lingkungan dan budaya yang amat menghargai ilmu pengetahuan.

Syeikh Ahmad al-Fathani juga telah menunjukkan kebolehannya dalam menguasai ilmu pengetahuan sejak kecil. Beliau dikenali memiliki kemampuan menghafal al-Quran malah mampu mengajar ilmu tatabahasa Arab pada usia remaja.

Syeikh Ahmad al-Fathani kemudian berhijrah ke Baitulmaqdis untuk menuntut ilmu perubatan dan kedoktoran.

Menurut riwayat, beliau adalah orang Melayu pertama yang mahir ilmu perubatan dan mendapat pendidikan khusus dalam bidang tersebut.

Pendidikan perubatan yang dikuasainya telah membezakan dirinya dengan tabib-tabib tradisional ketika itu. Di sini juga beliau mendapat inspirasi untuk menulis buku berjudul Thayyib al-Ihsan fi Thib al-Insan.

Setelah itu, beliau kembali ke Mekah untuk meneruskan pembelajaran daripada guru-guru Pattani termasuk ulama terkemuka Nusantara, Syeikh Daud bin Abdullah al-Fathani.

Beberapa tahun kemudian, beliau melanjutkan pengajian ke Mesir iaitu negara yang terkenal sebagai pusat ilmu pengetahuan keislaman dengan kemegahan Universiti Al-Azhar.

Di sini ini, nama beliau tercatat sebagai pelajar pertama dari Asia Tenggara.

Sekembalinya dari Mesir, Syeikh Ahmad al-Fathani kemudian mengajar di Mekah selama 15 tahun. Menurut riwayat, di sinilah beliau mula menulis buku-buku tentang ilmu tatabahasa Arab.

Karya-karyanya kemudian dikenali oleh banyak kelompok masyarakat sehingga beliau dianggap sebagai antara pakar bahasa Arab di kota Mekah.

Kepakaran beliau dalam bahasa Arab tersebar kepada Raja Mekah, sehingga diangkat menjadi ahli bahasa kerajaan (sekarang Arab Saudi) bawah pemerintahan Turki Uthmaniah.

Beliau juga termasuk dalam kalangan ulama Melayu yang menguasai pelbagai disiplin ilmu pengetahuan dan menulis lebih daripada 100 buku.

Namun malangnya, hanya sebahagian kecil sahaja manuskrip Syeikh Ahmad al-Fathani dipelihara dan diselamatkan.

Itu pun yang dibawa oleh Tuan Guru Haji Mahmud dari rumah Sheikh Ahmad al-Fathani di Mekah ke Gajah Mati, Pendang, Kedah.

Ada juga yang dibawa ke Kepulauan Riau oleh anak beliau sendiri, iaitu Hajah Wan Zainab.

Tidak terhenti di situ, setelah pulang ke Mekah, beliau telah menulis beberapa kitab agama dalam bahasa Melayu.

Tidak disangkal bahawa adanya jaringan ulama Nusantara yang terbina sejak abad ke-17 telah menunjang penyebaran keilmuan dan keintelektualan Islam. Ulama-ulama tersebut berperanan besar dalam kemajuan peradaban Islam.

Syeikh Ahmad al-Fathani menghembuskan nafas terakhir di Mina ketika sedang melaksanakan haji pada 14 Januari 1908 dan dimakamkan berhampiran dengan makam Ummul Mukminin, Siti Khadijah di Ma’la, Mekah.