Dalam dunia Islam, kerja penyediaan manuskrip tidak terhad kepada penulisan sahaja. Satu lagi proses yang dilakukan selepas penulisan ialah iluminasi. Dari empayar Islam Uthmaniyah di Turki sehingga Kesultanan Melayu di Nusantara, iluminasi merupakan satu daripada cara menandakan sesebuah manuskrip itu penting dari segi isi kandungannya mahupun kemampuan pemiliknya.

Seni iluminasi manuskrip merupakan aspek yang menekankan keindahan, kehalusan dan ketelitian. Selari dengan larangan menggunakan bentuk makhluk bernyawa dalam kesenian Islam, kebanyakan iluminasi manuskrip Islam menggunakan motif sulur dedaun dan bunga.

Selain daripada motif flora, iluminasi manuskrip alam Melayu terutama di Semenanjung Tanah Melayu menggunakan rekaan kerja kayu seperti gerbang, takhta dan mimbar. Ketiga-tiga objek ini mempunyai peranan tersendiri dalam kehidupan masyarakat Melayu.

Gerbang merupakan pintu masuk ke dalam sesebuah kawasan khas seperti kediaman, taman dan sebagainya. Gerbang bagi kawasan yang penting selalunya mempunyai hiasan ukiran dan semakin cantik ukiran atau hiasannya maka kebiasaannya semakin penting kawasan tersebut.

Takhta pula merupakan tempat bersemayam seseorang pemerintah seperti raja khususnya. Takhta alam Melayu selalunya mempunyai beberapa anak tangga seperti tiga, lima atau tujuh untuk sampai di atasnya. Begitu juga dengan mimbar yang mempunyai struktur seperti takhta tetapi lebih kecil dari segi saiz.

Berlainan dengan takhta, mimbar merupakan tempat khas untuk imam membacakan khutbah yang mengandungi nasihat dan seruan-seruan kebaikan berkaitan dengan ajaran Islam bagi umat Islam yang hadir di masjid pada waktu itu.

Oleh itu, penggunaan rekaan objek-objek ini sebagai rangka bingkai iluminasi manuskrip Islam alam Melayu memperlihat kesesuaian penggunaannya. Jarang manuskrip Melayu mempunyai iluminasi pada setiap helaian, iluminasi utama selalunya tertumpu pada tiga bahagian utama bagi al-Quran seperti depan, tengah dan belakang.

Manakala bagi manuskrip selain daripada al-Quran, bahagian hadapan sering diutamakan manakala beberapa iluminasi lain turut disertakan mengikut jenis dan keperluan kandungan manuskrip.

Corak rekaan bentuk gerbang selalu digunakan pada manuskrip selain daripada al-Quran manakala rekaan corak bentuk takhta dan mimbar sering menyerupai rekaan iluminasi al-Quran.

Selain daripada iluminasi utama yang sering memenuhi keseluruhan helaian manuskrip, iluminasi sampingan seperti penanda ayat, di bahagian tepi dan kepala surah juga diberi perhatian.

Ruang untuk sesebuah iluminasi pada helaian manuskrip telah dikhususkan oleh khatib atau penulis. Kerja-kerja membuat iluminasi bermula selepas sesebuah manuskrip siap ditulis. Kerja yang terlibat dalam iluminasi ialah melukis, mewarna dan meletakkan dakwat emas atau perak. Terdapat pengkaji yang membezakan hiasan iluminasi sebagai yang mempunyai hiasan emas dan perak manakala hiasan tanpa kedua-dua bahan tersebut dikenali sebagai ilustrasi walaupun berwarna.

Warna yang sering digunakan dalam iluminasi manuskrip Melayu Semenanjung Tanah Melayu ialah hitam, merah dan kuning. Namun begitu kadangkala terdapat penggunaan warna biru dan hijau walaupun agak jarang ditemui.